El 10 de junio de 1962, día de los comicios, en la cuestionada justa electoral compiten siete candidatos, y ninguno obtiene el tercio de los votos. Para proclamar al ganador, la Constitución de 1933 exigía superar el 33,33% de los votos. Según cifras extraoficiales, Haya de la Torre logró 32,9%, Belaunde 32,1% y Odría 28,4%. Entre Haya de la Torre y Belaunde solo hubo 20 mil votos de diferencia.
En consecuencia, de acuerdo con la Constitución, le correspondía al Congreso elegir al presidente entre los tres candidatos más votados. No obstante, el Jurado Nacional de Elecciones, que presidía el Dr. José Enrique Bustamante y Corso, tardó en concluir el cómputo oficial y la situación política se tornó tensa y alarmante por las denuncias de graves irregularidades durante el proceso. El APRA negó el fraude a pesar de que se encontró cerca de 20 mil libretas electorales falsas en la Casa del Pueblo y en la de un militante aprista.
El 13 de julio de 1962, Belaunde viaja a Arequipa y denuncia el fraude. El pueblo se moviliza.
El 18 de julio de 1962, el Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas depone al presidente Manuel Prado y convoca a elecciones para el 9 de junio de 1963. El Ejército publicó el llamado “Libro Blanco”, demostrando el fraude. Las elecciones fueron anuladas. Asume una junta militar de gobierno presidida por el general Ricardo Pérez Godoy e integrada por el general de la FAP Vargas Prada y el almirante de la Marina Torres Matos.
El 13 de enero se acuerda el pacto electoral y de gobierno entre Acción Popular y la Democracia Cristiana (DC). Por la DC firmaron Javier Correa Elías, Mario Polar Ugarteche, Alfredo García Llosa y Pedro Arnillas. Por AP lo hicieron Fernando Belaunde Terry, Óscar Trelles, Arturo Seminario y Álvaro Llona Bernal.
El 19 de abril, Belaunde inicia una campaña electoral sin precedentes, con 100 manifestaciones en las ciudades más importantes del país y con presentaciones por televisión y estaciones de radio, a 50 días de las elecciones, programadas para el 9 de junio. La prensa la denominó una verdadera “blitzkrieg” o guerra relámpago.
La campaña se dividió en cuatro etapas:
El 6 de junio termina la campaña de Fernando Belaunde con dos sensacionales discursos pronunciados por TV en la ciudad de Lima. Desbarató las calumnias de sus adversarios precisando que no estaba con la Internacional Sindical Roja ni con la International Petroleum Company (IPC). Hizo una declaración pública de bienes: «Poseo una casa hipotecada en Inca Rípac N° 100 y una revista, y vivo de mi profesión y de mi cátedra». Igualmente, cabe resaltar que Belaunde recurrió a su tío Víctor Andrés Belaunde para que pudiera dar un mensaje a la Nación, a través de la televisión, a fin de desvirtuar las acusaciones de comunista que le endilgaban sus adversarios. Siendo Víctor Andrés Belaunde un importante representante de la cultura nacional y defensor de la doctrina social de la Iglesia Católica, explicó en esta presentación las bondades de la posición de la alianza Acción Popular-Democracia Cristiana, desbaratando las incriminaciones.
El 9 de junio, día de las elecciones, Belaunde vota en la escuela 4431 de la calle María Parado de Bellido, en Pueblo Libre. En su mesa triunfó con 103 votos, mientras que Odría alcanzó 44 y Haya de la Torre 30. El resultado electoral le dio la victoria a Belaunde con el 39,05% de los votos, seguido por Haya de la Torre, con el 34,36%; Odría, con el 25,52%, y Samamé, con el 1,06%.
El 3 de julio, Fernando Belaunde Terry es proclamado presidente de la República por el Jurado Nacional de Elecciones. Asimismo, son proclamados los vicepresidentes Edgardo Seoane Corrales y Mario Polar Ugarteche. Al día siguiente recibió en su casa de Inca Rípac la credencial que acreditaba su triunfo y lo proclamaba como presidente del Perú para el periodo 1963-1969.
