Al iniciar Belaunde su primer periodo de gobierno, el ímpetu del mandatario le imprimió a la administración un ritmo y una velocidad sorprendentes. De 1963 a 1967, el Perú vivió una fase de dinamismo económico y social sin precedentes. Entre esos años, su crecimiento económico mantuvo un ritmo muy superior al incremento demográfico. En el campo de la producción, la política del Gobierno estuvo orientada a mejorar la situación del agro y a acelerar la expansión de la industria en diferentes regiones del país. Esa orientación se complementó con un agresivo plan de integración vial destinado a ampliar el mercado interno e incorporar a los pueblos a la producción y al consumo. La magnitud de aquel esfuerzo se refleja en las cifras correspondientes a la inversión pública, que ascendieron a más de 14 000 millones de soles.
Sin embargo, la magnitud de la obra realizada tuvo su contrapartida en el desequilibrio económico-hacendario. Se hizo mucho en poco tiempo en un país apremiado por tantas necesidades insatisfechas que demandaban una atención inaplazable. Como era inevitable, la devaluación de 1967 creó serios problemas económicos y sociales. Entonces, el APRA y la Unión Nacional Odriista, que tenían control sobre el Parlamento, siguieron con su obstinada oposición, censurando a los diferentes ministros y gabinetes. El primer gabinete había sido censurado en diciembre de 1963, cinco meses después de inaugurado el Gobierno. Los hechos de esta censura empezaron en la Noche Buena de 1963, por unos hechos ocurridos en el Cusco. En total, fueron 11 ministros censurados por el Parlamento en cinco años.
Sin la sucinta relación de los antecedentes no puede apreciarse lo que aconteció en el Perú en la madrugada del 3 de octubre de 1968. A las 2 y 12, los tanques iniciaron la captura del Palacio de Gobierno. Veinte minutos después, el presidente Belaunde Terry era extraído a la fuerza y conducido a la División Blindada, donde lo mantuvieron hasta el amanecer, en que fue llevado al aeropuerto Jorge Chávez. Ahí lo esperaba, desde la noche anterior, un avión de la Compañía Privada Aerolíneas Peruanas para conducirlo, como único pasajero –y con un grupo de policías–, a la ciudad de Buenos Aires, Argentina. Su padre, Rafael Belaunde, ya anciano, estuvo en el aeropuerto, donde pudo despedirlo a la distancia. El ministro de Aeronáutica, José Gagliardi Schiaffino, condenó el golpe de las Fuerzas Armadas y ordenó que el avión regresara a tierra, pero rápidamente fue arrestado en su despacho por quien sería su sucesor, el general Rolando Gilardi. El almirante general de la Marina, Mario Castro de Mendoza, también se opuso al golpe y se negó a ser nombrado ministro de Marina por Velasco Alvarado y, a los pocos días, pidió su pase al retiro.
El pretexto para el golpe de Estado encabezado por el general Juan Velasco Alvarado fue un supuesto entendimiento entre el gobierno de Belaunde y la International Petroleum Company (IPC) para resolver el antiguo litigio de La Brea y Pariñas de forma lesiva al interés nacional, imputación falsa y calumniosa vista la transparencia con que había sido negociada el Acta de Talara, en referencia a la refinería de esa ciudad.
La denuncia de la pérdida de la página 11 fue hecha por Carlos Loret de Mola, presidente de la Empresa Petrolera Fiscal (hoy Petroperú), firmante de ese contrato. Por lo tanto, a él se le habría perdido su copia. Insólita denuncia. Se usó esa “pérdida” para asestar el golpe de Estado, como si en esa página –supuestamente perdida– hubiera vitales datos del contrato entre la empresa peruana de petróleo y la empresa norteamericana IPC. Producido el golpe, y durante el proceso judicial que había dado origen a la pérdida de un contrato entre el Estado y una compañía extranjera, la justicia obligó a la IPC –que conservaba su propia copia– a presentar su contrato. ¡Oh sorpresa!, estaba la página 11, vacía. Solo contenía la fecha y nada más. Las firmas de los representantes de la IPC y de Carlos Loret de Mola (de la Empresa Petrolera Fiscal) no figuraban en la página 11, sino en la página anterior, la página 10. Este es el caso insólito de un golpe de Estado por una página que se perdió y que estaba en blanco.
4-8 de octubre. Al llegar a Buenos Aires, FBT fue recibido por una comitiva del Ministerio de Relaciones Exteriores de Argentina. El personal de la embajada peruana lo esperaba en el aeropuerto y lo acompañó a la sede de la misión. Un empresario argentino, dueño de una cadena de hoteles en su país, lo escuchó declarar cuando llegó al aeropuerto de Ezeiza, lo llamó y le puso una habitación a su disposición en su hotel. Desde allí, Belaunde le envió un contundente mensaje al Consejo de Ministros reunido en Lima para que el ministro de Guerra procediera a la inmediata destitución de los golpistas. La comunicación se interrumpió cuando estos tomaron a la fuerza el Palacio de Torre Tagle, donde sesionaba el Gabinete Mujica.
En Buenos Aires, Belaunde se dirige a la plaza San Martín y, ante la presencia de la estatua del Libertador, convoca a elecciones presidenciales en el Perú. El gobierno militar argentino le prohíbe hablar. Entonces, toma la decisión de regresar a Lima. Compra su pasaje y se embarca en un vuelo de Braniff International. Sentado en el avión, el capitán le pide que desembarque. Fue entonces que decide dejar la Argentina y enrumba a los Estados Unidos. Su hijo, Rafael Belaunde, llega al día siguiente desde Lima, con ropa, dinero y su pasaporte auténtico. Finalmente, Belaunde parte a Nueva York, desde donde da una conferencia de prensa por televisión. El director de la Universidad de Harvard lo escucha y lo invita a dar clases en su universidad. Así inicia su periplo académico por los Estados Unidos.
El 29 de diciembre, Belaunde envía, desde Cambridge, un mensaje al Congreso de la Lealtad de Acción Popular: «Con la frente en alto y la conciencia del deber cumplido, saludo emocionado a la Patria y a mis correligionarios, sus leales y devotos y permanentes servidores. Y en cuanto a mí, solo pido que se recuerde a los pueblos del Perú, algo que debe quedar grabado en todas las conciencias rectas y en todos los corazones nobles; algo que la historia tendrá que reconocer como nuestro honroso título que, siendo yo presidente, el pueblo fue soberano. ¡ADELANTE!».
El 4 de enero se realiza el Congreso de Acción Popular Carlos Cueto Fernandini, luego de la reorganización partidaria decretada por Fernando Belaunde. Por aclamación, José María de la Jara y Ureta fue elegido nuevo secretario general del partido.
Ese mismo año, Fernando Belaunde Terry es incorporado como catedrático por la Universidad de Harvard. Su vida en el entorno académico estadounidense es muy activa. Es conferencista en las universidades de Oklahoma, Cornell, Rutgers, Stanford, Bowen, Duke, Texas, San Francisco State, Wisconsin, New York (Platz) y Hobart and William. También realiza visitas a Colombia, Venezuela y Puerto Rico.
El 19 de febrero, en la sesión inaugural de una conferencia sobre educación internacional desarrollada en Washington D.C., Fernando Belaunde sostiene que, en América Latina, los maestros «tienen un doble papel: el de la educación y el de la acción civil».
El 31 de mayo, desde Boston, con ocasión del día de Acción Popular (1 de junio), llama al pueblo y a los sectores constitucionalistas de las Fuerzas Armadas del Perú a que exijan la inmediata realización de elecciones para presidente, miembros del Congreso y municipalidades. Hizo también una defensa de José María de la Jara, secretario general de AP, a quien el régimen militar le había impedido el regreso al país. Condenó, además, la prisión y posterior deportación del periodista Enrique Zileri, codirector de la revista Caretas.
En 1970, las conferencias de Belaunde continúan en las universidades de Iowa, Connecticut, Rochester, Goshen, Illinois, Champaign, Pennsylvania, South Carolina, entre otras instituciones educativas.
En abril de 1970 contrae matrimonio con Violeta Correa Miller en Seattle. «Ella fue para mí compañía en la soledad y en la incertidumbre; rompió esa soledad y convirtió mi certidumbre en esperanza».
Ese mismo año concurre a la Bienal de Rimini (Italia) para recibir distinciones junto con el planificador Kenzo Tange y el revolucionario del diseño estructural Konrad Wachsmann. En aquella ocasión fue premiado con la Medalla de Oro por el proyecto de la Carretera Marginal de la Selva.
El 1 de diciembre de 1970 fallece su madre, Lucila Terry de Belaunde, en Lima. El gobierno de Velasco permitió que Belaunde regresara al Perú, y el 3 de diciembre llega y visita la tumba de su progenitora, en el cementerio El Ángel, en compañía de su padre, Rafael Belaunde Diez Canseco, y de sus hermanos, Juan, Lucila y Francisco. Ante la delicada salud de su padre, decide acompañarlo en estricto privado por algunas semanas. Al día siguiente, es obligado por el gobierno militar a salir inmediatamente del país.
El 24 de diciembre de 1970, FBT es obligado a abordar un avión de Lan Chile con destino a Panamá, en espera de Violeta Correa, quien lleva el equipaje de su esposo, un terno, un abrigo y su pasaporte, para continuar viaje a Washington. Días antes de su detención, había anunciado a la prensa su decisión de responder a las declaraciones infundadas de Juan Velasco Alvarado sobre su persona hechas en la clausura del año académico de la Fuerza Aérea del Perú.
Retoma su vida académica como profesor visitante en la American University (1970), en la Universidad de Columbia (1972), en la Universidad George Washington (1973) y en la Universidad Johns Hopkins (1973). Brinda conferencias en las casas de estudio de Saint Joseph, Ball State, Louisville, Brandais, Alfred, Syracuse y Pittsburgh.
Entre 1971 y 1972 hace lo propio en las universidades estadounidenses de Rockhurst, Regis, Denver, Carolina del Norte, Colorado, Southern Illinois, Kent, Thunderbird, Georgetown, Northern Virginia, Las Vegas, Cincinnati, Tampa y Conn College. También dicta conferencias en universidades de Canadá y Costa Rica.
El 10 de abril fallece su padre, don Rafael Belaunde Diez Canseco, a la edad de 85 años, y es autorizado a ingresar al Perú para su sepelio, llegando a Lima al día siguiente. Los restos de Rafael Belaunde fueron sepultados el día 11 de abril en una tumba bajo tierra en el sector de San Bartolomé, sobre el féretro de su esposa, Lucila Terry de Belaunde. A FBT no le permiten hacer ningún tipo de declaración y regresa al destierro.
El 25 de mayo, Javier Arias Stella, secretario nacional de Asuntos Políticos de AP, es deportado a Buenos Aires, en vísperas del VII Congreso Nacional, que se realizaría del 30 de mayo al 1 de junio en el local partidario ubicado en el jirón González Prada 384, en Miraflores.
El 31 de mayo, el Ministerio del Interior decreta la prohibición de las actividades de Acción Popular y la clausura de sus locales partidarios. En el mismo comunicado se precisa la deportación de Javier Arias Stella y Javier Alva Orlandini. El local de AP en La Colmena es expropiado por la dictadura y entregado a Acción Popular Socialista. Entonces, AP utiliza el local que tenía en Miraflores como sede principal.
El 24 de julio, el gobierno militar confisca los medios de comunicación. La protesta popular es inmediata. En ella, Acción Popular cumple un papel muy destacado, al punto que los dirigentes del partido –entre ellos el secretario general interino, Ricardo Monteagudo– son capturados y recluidos en el cuartel de El Potao.
El 1 de agosto, el Consejo de Guerra de la Segunda Zona Judicial del Ejército abre instrucción a los partidarios de Acción Popular por su protesta y rechazo a la estatización de los medios.
El 19 de agosto, el gobierno militar confisca los diarios y se generan protestas en diversas partes del país. En Lima, muchos partidarios de AP salen a las calles a manifestar su disconformidad y son tomados prisioneros. En esas circunstancias FBT, en un cable dirigido al general Arturo Cavero, presidente del Comando Conjunto de las Fuerzas Armadas, se ofrece como rehén a la Junta Militar a cambio de la libertad de varios de los acciopopulistas apresados. Asimismo, solicita el levantamiento de la prohibición impuesta a las líneas aéreas para que pueda trasladarse al Perú.
El 29 de agosto, Belaunde llega a Guayaquil con su hermano Francisco y se traslada a la frontera de Aguas Verdes, donde se le niega el ingreso al Perú. Tras una discusión, logra entrar a la oficina de Inmigración. Ahí denuncia la arbitraria medida ante la Policía de Investigaciones. Tras el incidente, es conducido nuevamente al Puente Internacional. Al día siguiente parte de regreso a Guayaquil.
El 31 de agosto es desterrado de Ecuador por el general Guillermo Rodríguez Lara.
El 29 de agosto, las Fuerzas Armadas se pronuncian en Tacna y deponen al general Juan Velasco Alvarado con un golpe de estado interno. Se inicia la segunda etapa del Gobierno Revolucionario de la Fuerza Armada, encabezada por el general Francisco Morales Bermúdez.
El 4 de enero, Belaunde y su esposa, Violeta Correa, llegan al Perú desde Colombia, país en el que habían estado por un viaje de estudio en la ciudad de Cartagena, para cumplir una visita por 15 días. Respecto a la amnistía política decretada por el Gobierno Revolucionario, afirma que es una medida atinada y que la libertad no se agradece, pero sí se reconoce. Improvisa un discurso frente a su casa, en la calle Inca Rípac, en Jesús María.